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ε-聚賴氨酸為淡黃色粉末、吸濕性強，略有苦味，溶于水，微溶于乙醇，但不溶于乙酸乙酯、乙醚等有機溶劑。ε- PL遇酸性多糖類、鹽酸鹽類、磷酸鹽類、銅離子等可因結合而使活性降低，與鹽酸、檸檬酸、蘋果酸、甘氨酸和高級脂肪甘油酯等合用有增效作用。ε-PL的等電點為9.04，最適pH為5~8。ε- PL的熱穩定性非常好，其水溶液在高溫(121°C)情況下不分解、不失活 [1]  。ε-PL是賴氨酸的直鏈狀聚合物。它不受pH值影響，對熱穩定(120℃，20min)，能抑制耐熱菌，故加入后可熱處理。但遇酸性多糖類、鹽酸鹽類、磷酸鹽類、銅離子等可能因結合而使活性降低。