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D-木糖作為一種新興的功能性食品配料，因具有優良的加工特性和多種生理調節功能，被廣泛應用于各種功能性食品中，其生理調節功能主要有以下幾方面：

調節菌群，促進雙岐桿菌增殖

D-木糖能夠選擇性的促進雙歧桿菌等有益菌的增殖，使其成為優勢菌群，調節微生態平衡，促進健康。雙歧桿菌是人體內的正常棲居的菌群，它能夠選擇性的代謝D-木糖產生大量短鏈脂肪酸，相反，中的葡萄球菌、大腸桿菌和許多梭狀芽孢桿菌都不能利用D-木糖。雙歧桿菌代謝D-木糖產生的短鏈脂肪酸主要是乳酸和醋酸，能夠降低的pH值，抑制了其它有害菌的繁殖，使人體內的吲哚、酚、氨和尸胺等有害代謝物質明顯減少，從而降低了人體患等的機率。同時，酸性環境的改善還能刺激，增加糞便濕潤度，促進排便，從而發生，減少宿便對便秘帶來的危害，同時，D-木糖通過調節菌群對也有一定的作用，因而它是一種具有通便和的雙向調節劑。

每天攝入D-木糖10g，即可起到較好的整腸效果，因此D-木糖也被稱為“雙歧因子”